Есть ли обобщение расстояния Левенштейна для поиска структур в графах?
Этот документ может представлять интерес: Структурное сходство в графиках
Однако я боюсь, что вычисление такого расстояния будет очень сложным в вычислительном отношении, скорее всего, либо NP, либо NP завершены.