Тот факт, что ваша проблема существует только при обновлении и удалении, говорит мне о том, что вы, вероятно, слишком много индексируете.
Индексы значительно сократят время, затрачиваемое на определенные запросы, но потребуют дополнительной работы при вставке, обновлении и удалении записей из ваших таблиц.Попробуйте исключить индексы для столбцов, которые часто обновляются, особенно если они не часто появляются в предложении where
в ваших запросах SQL.