Как правило, файлы asmx больше похожи на прокси для бизнес-объектов, а бизнес-объекты не принадлежат проектам веб-сайтов. Классы веб-сервисов следует размещать в другом проекте, посвященном бизнес-логике, а не презентации. aspx и aspx.cs, с другой стороны, являются дополняющими файлами, правильно размещенными внутри проекта веб-сайта, поскольку их задача - представлять данные.