Вы можете легко использовать blockproc для этого: http://www.mathworks.com/help/toolbox/images/ref/blockproc.html
Но если это не работает для вас, какие ошибки вы получаете?
Если вы хотите сделать это вручную (как извлечение значения центрального пикселя каждого блока) вы можете просто использовать для этого два цикла ... но имейте в виду, что это довольно не элегантный и не очень быстрый способ сделать это ...
image = imread('image.png');
s = size(image);
for i=2:3:s(1)-1
for j=2:3:s(2)-1
%% here you have the midpoint of each 3x3 block...
%% you could then easily crop the image around it if you
%% really need separated blocks...
end
end
Это не очень быстрый способ, хотя ... но он работает ...
Надеюсь, это поможет ...