Я использую gnuplot для тех же целей, мой ввод выглядит так:
35010.59199,100,101
35010.76560,100,110
35011.05703,100,200
35011.08119,100,110
35011.08154,100,200
35011.08158,100,200
35011.08169,100,200
35011.10814,100,200
35011.16955,100,110
35011.16985,100,200
35011,17059,100,200
Первый столбец - это секунды с полуночи, а после запятой - наносекундная часть. Вы можете сохранить это в файле csv и сделать в gnuplut:
set datafile separator ','
plot "test.csv" using 1:3 with lines