JBox2D - это порт от родной версии, называемый Box2D. Для нативной версии, очевидно, не нужно было беспокоиться о сборке мусора, поскольку она была написана для языка, который использовал ручное управление памятью (я думаю, C ++).
Проблема возникает из-за того, что порт для Java JBox2d не был оптимизирован, и из-за этого создается множество временных переменных, которые запускают сборку мусора и, следовательно, действительно замедляют частоту кадров.
Как предположил Кристиан, вы можете попробовать AndEngine. Я не могу вспомнить, использует ли это JBox2d или родной Box2D.
Я бы лично предложил движок BadLogicGames под названием LibGDX:
http://code.google.com/p/libgdx/
Он определенно использует Box2D изначально и имеет возможность разработки всего приложения на рабочем столе и только портирование на Android для тестирования. Для портирования требуется всего несколько строк кода, и есть несколько примеров приложений, так что это не так сложно! :)
Он также в очень хорошем состоянии, в него постоянно вносятся обновления!
В любом случае, надеюсь, это поможет!
Энди.