Если первый член nunmber может быть нулем, то вам нужно отформатировать его, чтобы заполнить его нулями, если необходимо.
<?php
$number = mt_rand(10000,999999);
printf("[%06s]\n",$number); // zero-padding works on strings too
?>
Или, если он может быть нулевым, вы можете сделать это, чтобы:
<?php
$number = mt_rand(0,999999);
printf("[%06s]\n",$number); // zero-padding works on strings too
?>