если вы откроете командную строку visual studio из меню «Пуск», то вы можете вызвать MSBuild и указать для этого файл .sln или конкретный файл .csproj, чтобы создать то, что вам нужно
В качестве альтернативы вы можете создать собственный файл MSBuild, который позаботится о задачах.
один совет: убедитесь, что используемая вами версия MSBuild применима к целевой версии фреймворка или инструментария проекта
т.е. если вы попытаетесь создать решение, созданное в vs2010 с помощью msbuild 3.5, оно не распознает набор инструментов 4.0 проекта