Один из способов указать свой путь без его разрыва:
export PATH=/usr/local/jdk1.6.0/bin:$PATH
Краткое объяснениеЕсли вы хотите добавить что-то новое в свой путь, вы должны сохранить старые настройки пути.Что вы сделали, так это установили путь, указывающий только на /usr/local/jdk1.6.0/bin.Вот почему все остальные команды, кроме тех, которые находятся в /usr/local/jdk1.6.0/bin, "пропали".Ничто действительно не "ушло".Вам просто нужно сбросить свой путь.Просто откройте новый экземпляр оболочки / терминала или просто выйдите из системы / войдите в систему и установите свой путь более подходящим способом.