Объект Scene
не предоставляет доступа к треугольникам, что вам и понадобится в JOGL. На самом деле Java3D и JOGL - две очень разные библиотеки, и мне интересно, почему вы используете их вместе (или как). Java3D - это API графа сцены, а JOGL - просто оболочка для низкоуровневого OpenGL. Вам известно об этих вещах?
В любом случае вам нужно написать загрузчик OBJ для JOGL. Это не сложная задача, хотя! Просто найдите OBJ specs и напишите загрузчик, который построчно анализирует файл в любом формате, который вы хотите отправить в JOGL.
Или придерживайтесь одной из двух библиотек. Я не вижу смысла в использовании обоих. Либо вы хотите использовать низкоуровневый OpenGL, либо вы хотите удобство высокоуровневого Java3D, верно?