SqlAlchemy не управляет видом pg_dump. Вы, вероятно, можете имитировать это с помощью множества запросов, но это будет болезненно.
Более простой способ - использовать сам pg_dump внутри скрипта python с os.system или subprocess.call
Если это для обычного сохранения, взгляните на проект безопасного хранения, который говорит за вас в ваших базах данных