Это не имеет ничего общего с java, оно просто связано с тем, как catalina.bat вызывается из startup.bat
catalina.bat может вызываться либо с аргументом «start», либо с аргументом «run».
run Start Catalina in the current window
start Start Catalina in a separate window
Так что откройте startup.bat, прокрутите вниз, чтобы увидеть
"%EXECUTABLE%" start %CMD_LINE_ARGS%
изменить это на
"%EXECUTABLE%" run %CMD_LINE_ARGS%
exit
Я добавляю выход после, чтобы закрыть окно вызова.