Если вы говорите о всплывающих окнах, то наверняка их считают плохой практикой использования.Пользователь чувствует, что он собирается просмотреть рекламу и внезапно закрывает ее.Также это не попадает в плавный просмотр сайта.Всплывающие окна, несомненно, отвлекают нас от работы над проектом, в котором мы используем Lightbox Modalbox из jQuery, чтобы избежать использования всплывающих окон, которые были очень хорошо приняты пользователями.См.
http://colorpowered.com/colorbox/ для примеров лайтбоксов.
Мне всегда нравится читать http://www.useit.com/alertbox/990530.html для удобства использования.