Windows CE по своей природе не поддерживает прозрачные элементы управления, что вызывает огромную боль. Вы должны использовать что-то вроде прозрачности ColorKey, поэтому в вашем OnPaint вам нужно залить фон цветом (популярный пурпурный) и использовать SetColorKey, чтобы сделать этот цвет прозрачным.
В Интернете есть несколько уроков по прозрачности цветовых клавиш. Вот один , который я только что нашел с помощью поисковой системы, которая выглядит разумно, но не стесняйтесь искать и других.
Место, где это падает, это когда у вас есть элементы управления в элементе управления контейнера, который затем находится в Форме. Чтобы это работало правильно, вы должны каскадировать вызовы в области отсечения из формы до конца. У меня нет готового образца этого, которого нет в проекте доставки, поэтому я не могу легко опубликовать его. Если вы столкнетесь с этим, обновите вопрос, и я посмотрю, смогу ли я что-нибудь извлечь.