Ну, я полагаю, что субъект все это говорит:)
Идеальное решение - найти все файлы jar в определенной папке (они могут быть в подпапках) и записать все найденные источники в один "директория src ", конечно же, поддержка папок пакетов.
Конкретный вариант использования: декомпилировать все jar плагина Eclipse