Вам следует попробовать Редактор конфигурации (включен в IIS 7.5 и доступен для загрузки для IIS 7.0 по адресу http://www.iis.net/download/AdministrationPack),. Он может автоматически генерировать команды AppCmd.exe, а также JavaScript и управляемый код. Используя его, я сгенерировал следующее (для веб-сайта по умолчанию):
appcmd.exe set config "Default Web Site" -section:system.webServer/security/authentication/anonymousAuthentication /enabled:"False"
appcmd.exe set config "Default Web Site" -section:system.web/identity /impersonate:"True"
appcmd.exe set config "Default Web Site" -section:system.webServer/security/authentication/windowsAuthentication /enabled:"True" /commit:apphost
Обратите внимание, что с commit: apphost, потому что секции заблокированы по умолчанию, что означает, что они должны быть установлены внутри ApplicationHost.config с использованием путей к местоположению.