Вы можете указать, какой .NET Framework с nant параметром -t: net-3.5, в этом примере будет использоваться .NET 3.5.Вы также можете указать в скрипте nant, какую версию msbuild он должен использовать для компиляции проекта.
<property name="MSBuildApp" value="C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v3.5\MSBuild.exe" />
<exec failonerror="true" program="${MSBuildApp}" verbose="true">
<arg value="${SlnDir}\${SlnFile}" />
<arg value="/t:Rebuild" />
<arg value="/p:Configuration=${SlnConfig}" />
</exec>