Во-первых, я бы пропустил rsnapshot, если у вас нет доступа по SSH. (Хотя мне это нравится и нравится)
Я предполагаю, что вы, скорее всего, создаете резервные копии в формате JPEG, и они уже сжаты. Сжатие их не делает их намного меньше, к тому же вам не нужны файлы размером 1 ГБ. Похоже, они могут быть немного больше или меньше.
Таким образом, вы можете просто написать скрипт, который объединяет jpegs в gz (или что-то еще), пока он не поместит около 1 ГБ, и затем запустит новый архив.
Вы можете сделать все это в PHP достаточно легко.