Одна мысль состоит в том, что вы передаете две банки jar, а не на пути к классам.Вы, вероятно, хотите что-то вроде:
java.exe -cp d:\old\clojure-contrib.jar -jar d:\old\clojure.jar
Я бы предположил, что ваш CLI-вызов вызывает сам запуск clojure.jar, а затем clojure пытается прочитать в качестве аргумента clojure-contrib.jar.