Я предполагаю, что SSI автоматически разрешены
Это очень большое предположение.SSI будут работать только если вы загрузили mod_include.Вам также нужно включить фильтр для соответствующих файлов, например,
AddOutputFilter INCLUDES .shtml
... и, конечно же, убедиться, что Включения не будут переопределены в других местах конфигурации.
Читали ли вы это