Если вы завершите ответ до директивы включения, включенный файл не будет отображаться.
Это может быть вызвано либо (a) a Response.End, либо (b) исключением. Иногда исключение не будет видимым, потому что оно находится внутри невидимого элемента. Просмотрите источник страницы, чтобы найти их, и прокрутите до конца.
Проверьте «длинный файл» и посмотрите, происходит ли что-либо из этого.
Другая возможность с очень большими файлами состоит в том, что файл не завершил рендеринг страницы. Убедитесь, что вся страница обработана.