Я понимаю, что это не дает прямого ответа на ваш вопрос, но я бы не стал использовать SCONS.Родные проекты Visual Studio имеют слишком много преимуществ, таких как возможность использовать Incredibuild, Visual Assist и т. Д.
Вместо этого вы можете захотеть взглянуть на XPJ:
http://sourceforge.net/projects/xpj/
Он генерирует vcproj из XML-файла, который также может быть использован для создания проекта SCONS, если это абсолютно необходимо.
Если вы не уверены, вы можете настроить пользовательский параметр командной строки в Visual Studio ипусть он вызывает сборку SCONS.