rsync - лучшая утилита для передачи файлов. Поддерживает возобновление, рекурсию и различные виды шифрования, включая ssh (по умолчанию). Как scp на стероидах.
Если у вас есть несколько маршрутизаторов для пробивки, вы можете создавать ssh-туннели. Он будет передавать только те части файла, которые отсутствуют, что делает его идеальным для резервного копирования. У него так много полезных функций, что я использую его вместо cp для локального копирования.
Он доступен для многих платформ и включен по умолчанию в современные * nix системы. Больше на http://samba.anu.edu.au/rsync/