Сам я не Java, но по опыту это звучит так, как будто вам нужно;
A. Создайте новый репозиторий на сервере SVN.
или B. Просто добавьте новую папку в существующий репозиторий, а затем в затмении вы сможете зафиксировать.
Я не думаю, что в самом модуле eclipse есть что-то, что позволяет вам добавлять новые папки, вы должны делать это из ОС или с помощью приложения, такого как RapidSVN.
Когда я говорю «ДОБАВИТЬ», я имею в виду, что вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши по папке в Win Explorer, а в разделе SVN вы можете нажать команду «Добавить». Я использую tortoisesvn .... он также добавит значки в ваши папки, чтобы вы знали, что нужно зафиксировать.