Может быть, вы могли бы создать проект из ствола вашего хранилища?Eclipse обрабатывает это правильно, по крайней мере, для проектов MVN, и это позволит вам зафиксировать все сразу.Если вы не хотите, чтобы метаданные eclipse были в вашем хранилище, добавьте .settings, .classpath и .project в svn: ignore.
Лично я бы сделал это, используя TortoiseSVN или клиент командной строки.