Насколько я знаю, простого способа сделать это не существует.
В принципе, вы могли бы написать простое приложение, которое проверяет версию exe и переименовывает ваш MSI как часть шага после сборки. Тем не менее, имя MSI запечено в загрузчике setup.exe, поэтому вам также придется исправить это на тот случай, если вам понадобится установить все предварительные требования.