Я бы порекомендовал взглянуть на XML установщика Windows, обычно называемый WiX. Это немного сложнее, чем проекты установки Visual Studio, но позволяет вам обращаться с вашим установщиком как с исходным кодом.
Упрощает долгосрочное обслуживание установщиков по сравнению с альтернативами на основе графического интерфейса. Microsoft использует его для создания множества своих собственных установщиков.
Доступно бесплатно здесь: http://wix.sourceforge.net/
Хороший учебник для начинающих доступен здесь: http://www.tramontana.co.hu/wix/
Будьте осторожны, у MSI довольно крутая кривая обучения. Самая большая проблема, с которой вы, вероятно, столкнетесь, связана не с самим установщиком Windows (MSI), а с развертыванием .NET Framework на целевых компьютерах. Невозможно развернуть .NET из установщика Windows - вам понадобится отдельный исполняемый «загрузчик», который устанавливает .NET до запуска MSI.