Возможно добавить данные в произвольные файлы с помощью NTFS (файловая система Windows по умолчанию, которую, я предполагаю, вы используете). Вы бы использовали альтернативные потоки данных . Microsoft использует это для расширенных метаданных, таких как автор и сводная информация в документах Office.
Действительно, на мой взгляд, подход к базе данных является разумным, широко используемым и намного менее подверженным ошибкам. Не очень хорошая идея - изменять исходный файл, если вы на самом деле не изменяете его содержимое.