Если ваш собственный код вызывает HttpRuntime.BinDirectory, просто не делайте этого. Создайте свой собственный класс, такой как ExecutionContext, со свойством BinDirectory, которое может определить правильное местоположение в зависимости от того, вызывается он из asp.net или из модульных тестов.
Вы также можете использовать Assembly.CodeBase вместо этого, который будет работать в обеих ситуациях, пока вы берете одну из своих собственных сборок (а не что-то в gac).