Я бы рекомендовал устанавливать только те большие значения для страницы, которая нуждается в них, а не для сайта в целом;оба могут быть установлены программно для страницы.В противном случае я не вижу проблемы с увеличенным временем ожидания и размером файла.Возможно, вам следует включить предупреждение о том, что загрузка может занять до 5 минут, чтобы пользователи не нажимали кнопки (например, индикатор выполнения ajax).
System.Web.Configuration.HttpRuntimeSection.MaxRequestLength и Server.ScriptTimeout