Когда это происходит, появляется ли в заголовке окна «Выбрать командную строку»? Если это так, то нажатие клавиши приведет к ее приостановке, но нажатие клавиши также будет отправлено в приостановленную программу, если это не ESC или enter (или, возможно, другие). Вы можете отключить эту функцию, перейдя в свойства / настройки командной строки и сняв флажок «Режим QuickEdit».
Если это не так, вам придется публиковать дополнительную информацию о процессе сборки. На чем написана ваша система сборки (make, scons, jam, msbuild и т. Д.)?