Я бы пошел с GConf.
Однако ...
Возможно, если вы беспокоитесь о том, что пользователи копируют свои настройки в программу и из нее, вам следует создать настройки импорта и экспорта.функции в вашей программе?Затем пользователь может потенциально сохранить эти настройки в облачном хранилище, например Ubuntu One или Dropbox, и просто импортировать их нужные настройки в GConf, используя предоставленную вами утилиту, независимо от компьютера (даже если он предпочитает запускаться с liveCD).В любом случае, очень четко указать пользователю, где хранятся настройки.Многим (но не всем) пользователям Ubuntu удобно выполнять резервное копирование и восстановление этих файлов конфигурации с помощью rsync или другой утилиты резервного копирования.