BVT / BAT - это короткий набор тестов, который проводится после сборки и выполняет основные функции. Таким образом, для (больших) приложений JUnit не может быть правильным выбором для такого рода тестов. Я бы разработал этот тест, чтобы он выполнялся вручную или другой тестовой средой, которая способна автоматизировать тесты для приложений или систем.
BVT / BAT только доказывает, что сборка была достаточно хороша для создания полезного приложения (может быть выполнено, пользовательский интерфейс доступен, может загружать данные из базы данных, ...).