Позвольте мне добавить свой опыт работы с Eclipse и IDE NetBeans, который может быть полезен для принятия решений.
Мы использовали Eclipse и NetBeans одновременно с последних 4 лет, мы разрабатываем код в Eclipse, но проектируем формы и панели вNetBeans, и у нас никогда не было проблем с их параллельной работой.
Я все еще использую Eclipse Indigo и NetBeans IDE 7.0.1, а также NetBeans IDE 7.1 Beta, и все они работают хорошо на одном MacBook.