Что ж, конфигурация проекта и специфичные для netbeans функции, конечно, не будут сохранены (хотя я считаю, что netbeans генерирует ant-скрипты для построения проекта, и они должны нормально работать в eclipse, возможно, после некоторой настройки).
Все, что вам действительно нужно сделать, это создать новый проект Java, выбрать корневой каталог существующего проекта в качестве местоположения, а затем настроить исходные папки и путь сборки (и, возможно, некоторые другие вещи) в соответствии со структурой проекта.