Не бросайте их обоих в свой проект. Создайте статическую библиотечную цель для каждого физического движка. Таким образом, вы можете быть уверены, что они собираются отдельно, и при необходимости применять собственные настройки сборки для каждого.
Поскольку вы уже преобразуете проект, вам может быть проще перейти непосредственно на Kobold2D . И Box2D, и Chipmunk настроены и готовы к использованию, ничто не говорит против использования обоих в одном проекте. Все, что вам нужно сделать, это добавить заголовки для обоих физических движков, и вы готовы к работе.
PS: да, это звучит безумно. :)