Jaxer и Aptana Studio пока не имеют возможности отлаживать удаленные сценарии со стороны клиента. То есть вы не можете сделать один шаг в обратном вызове, и окно вашего кода покажет вам первую строку кода в удаленном методе. Конечно, это в их списке пожеланий, но было бы довольно сложно добиться успеха.
Лично я использую логирование. У Jaxer есть большие возможности для этого, в Jaxer.Log. *.
Многие люди насмехаются над «отладкой printf ()», но дело в том, что она работает, и ее зачастую легче настроить, чем интерактивный отладчик, особенно для серверных приложений и удаленного вызова методов. Вы просто добавляете сообщения регистрации везде, где хотите узнать состояние системы на данный момент, а затем заставляете свое приложение делать то, что не получается. Изучите бревна, промойте, повторите.