В моем файле vimrc
есть следующий код
cd ~/documents
map <F2> :NERDTreeToggle<CR>
" open Nerd Tree in folder of file in active buffer
map <Leader>nt :NERDTree %:p:h<CR>
Команда cd
не относится к NerdTree.Он просто меняет рабочий каталог, когда Vim начинает что-то, что для меня разумно.