Ну, сейчас я просто настроил их как два разных виртуальных хоста, использующих разные порты для подключения. Это работает, но мой сайт немного запутан, и если у кого-то есть идея получше, я весь в ушах. Спасибо.
Редактировать: все получилось! В итоге я настроил два VirtualServer на разных портах, затем использовал mod-proxy для перенаправления трафика на сайт / rt на mod-perl VirtualServer (оставив Passenger один по умолчанию). Это прекрасно работает, и лучше всего мой сайт mod_perl считает, что он все еще находится в том же месте, что и Пассажир, что устраняет многие проблемы совместимости, с которыми я также имел дело. Я знал, что мне не хватает чего-то простого! Просто поднимите это на тот случай, если у кого-то еще возникнут проблемы с этим.