Все объекты в JavaScript копируются по ссылке, что означает:
var x = {};
var y = x;
x.foo = 22; // y.foo also = 22 since y and x are the same object
Если вы хотите obj.key != jsonobj
, вам нужно клонировать объект. Создавая новый объект:
obj.key = $.parseJSON(objstring);
или использование jQuery для клонирования существующего:
obj.key = $.extend({}, jsonobj);