После создания проекта Windows Azure для вас должна быть создана папка Samples с примерами сценариев развертывания для каждого веб-сервера:
На этом этапе выможете открыть любой из примеров текстовых файлов, скопировать содержимое и вставить его в startup.cmd, где вы затем измените и настроите его для своего собственного использования, включая такие вещи, как имя файла war и имя каталога сервера.