Вы правы, операция волшебным образом не исчезает только потому, что объект, который ее породил, сделал.
Вы заставите ОС выдать исключение при попытке доступа к объекту контроллера представления, который теперь освобожден.Это опасность выполнения фоновых потоковых операций.
Вы должны планировать соответственно, в этом случае, чтобы иметь возможность отменить свою операцию, когда VC B будет освобожден.Это означает создание подкласса NSOperation, реализацию main () и проверку на isCancelled.
См. Документацию Apple относительно NSOperation, NSOperationQueues и параллельного программирования.