Элементы конфигурации WCF в web.config должны переводиться непосредственно в app.config.В прошлом я вырезал и вставлял подобные элементы web.config.Единственное, на что следует обратить внимание, это то, что ни web.config, ни app.config не любят повторение определенных элементов, поэтому, если вы объединяете данные конфигурации из нескольких файлов web.config, вам нужно убедиться, что вы не повторяете разделыэто должно существовать только один раз.