Коробка - это контейнер, который управляет позиционированием в горизонтальной или вертикальной стопке (см. VBox или HBox). Похоже, вы пытаетесь позиционировать thisMap, как если бы он был на холсте. Попробуйте
<mx:Script>
<![CDATA[
thisMap.scaleX = scaleFactor;
thisMap.scaleY = scaleFactor;
thisMap.x = thisMap.x - thisMap.mouseX * 1.3;
thisMap.y = thisMap.y - thisMap.mouseY * 1.3;
]]>
</mx:Script>
<mx:Canvas id="mapHolder" x="0" y="30">
<mx:SWFLoader id="thisMap" source="MyWorld1.swf" />
</mx:Canvas>
Также я не уверен, как это будет выглядеть, располагая его относительно координат мыши ... похоже, вы пытаетесь достичь какой-то функциональности перетаскивания. Однако холст должен решить исходную проблему.