Вы можете прочитать сертификаты PFX (PKCS # 12), используя JDK API без BouncyCastle:
KeyStore ks = KeyStore.getInstance("pkcs12", "SunJSSE");
ks.load(new FileInputStream("foo.pfx"), "passwd".toCharArray());
X509Certificate cert = (X509Certificate) ks.getCertificate(alias);
...
Для чтения файлов PEM см. этот ответ SO