Оба метода CreateTextFile и OpenTextFile имеют параметр, который задает кодировку (ASCII или Unicode (UTF16LE))
var fso = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var filename = "c:\\testfile.txt";
var f = fso.OpenTextFile(filename, 2, true, -1); // -1 means unicode
f.WriteLine("Hello world!");
f.Close();