Согласно MSDN , вы должны иметь возможность использовать:
var oL = new ActiveXObject("WScript.Shell");
oL.CurrentDirectory = "C:\\Foo\\Bar";
oFile = '"C:\\Application.exe"';
oL.run(oFile);
... при условии, что вы запускаете этот скрипт в Windows Script Host, и в этом случае вам, вероятно, следует прояснить это в вашем вопросе - около 99% программистов на JavaScript когда-либо используют язык только в веб-браузере, где это Подобные вещи возможны только при крайне необычных обстоятельствах.