Вы определенно можете масштабировать эти @ 2x изображения и сохранять масштабированные файлы в папке документов. Это позволило бы сэкономить время загрузки и использовать тот же объем пространства, что и связывание всего с вашим приложением, за счет некоторой дополнительной сложности. Я не думаю, что удаление оригинальных изображений @ 2x возможно, однако, или того стоит, даже если бы это было - есть возможность перемещения приложений и пользовательских данных между устройствами. Было бы лучше всего выбрать правильные данные в зависимости от разрешения, как только вы получите их оба. И я не вижу особых оснований для того, чтобы Apple ударила вас за это.
О, и, конечно, если у вас действительно много данных, порядка сотен мегабайт, может иметь смысл две версии приложения (например, в духе Rage).