решение может быть следующим:
$colorIndex = imagecolorat($img, $x, $y);
$colorInfo = imagecolorsforindex($img, $colorIndex);
print_r($colorInfo);
, который напечатает что-то вроде:
Array
(
[red] => 226
[green] => 222
[blue] => 252
[alpha] => 0
)
где [альфа] - это значение вашей прозрачности ... (от 0 до 127, где 0 - полная непрозрачность, а 127 - полная прозрачность)
Наслаждайтесь!