Если вам нужен целый UINavigationController со всеми функциями, вы можете сделать так:
UINavigationController *navController = [[UINavigationController alloc] initWithRootViewController:delegate.rootViewController];
self.popoverController = [[[UIPopoverController alloc] initWithContentViewController:navController] autorelease];
[navController release];
Или, если вы хотите просто навигационную панель, вы можете добавить в свой popovercontroller.
UINavigationBar *tableViewNavigationBar = [[UINavigationBar alloc] initWithFrame: CGRectMake(0.0f, 0.0f, 320.0f, 44.0f)];
[self.popoverController addSubView:tableViewNavigationBar];
Я не тестировал код, но он должен работать.